骨骼肌肉系統所使用的超音波，對關節肌肉軟組織的檢查，檢查時間短、診斷率高，同時適用於肌腱、韌帶、軟骨、關節腔發炎、水腫、小鈣化點，甚至肌肉病變、腫瘤、神經壓迫、血腫、肌肉肌腱斷裂等的檢查。以往為了檢查骨骼肌肉或關節的病兆或受損程度，會使用X光來檢查骨骼的受損情形，但X光的特性只能掃描骨頭，卻無法檢查關節周邊的軟組織如肌肉、韌帶等重要組織。雖然核磁共振檢查常是許多骨骼肌肉系統疾病的診斷標準，但是核磁共振屬於靜態檢查，無法確認病人動態的肌肉和肌腱運作情形，因此無法了解病人在活動下的真實情況。

並且在檢查出病灶後，可透過即時超音波導引下注射藥物到患處，其藥物用量小且直接作用在患部，不但效果較一般口服或肌肉注射藥物來得好，同時可降低常見消炎止痛藥物的副作用如胃部不適等。現代以超音波導引進行注射，確認位置後再進行注射，可減少過去醫師單憑手感而誤注入其它組織，也可提升病人注射後的滿意度。除了無法持續進行復健的病人以外，若經復健治療症狀仍無明顯改善或關節仍嚴重疼痛者，此種療法也是一種選擇。